Τα ΓΑΚ Σάμου συμμετείχαν σε προγράμματα με στόχο την καλύτερη οργάνωση και αξιοποίηση του υλικού τους:

ΠΡΟΓΡΑΜΜΑ ΤΑΞΙΝΟΜΗΣΗΣ ΚΑΙ ΕΥΡΕΤΗΡΙΑΣΗΣ ΛΗΞΙΑΡΧΙΚΩΝ ΑΡΧΕΙΩΝ

Το 1993 ξεκίνησε συνεργασία του Αρχείων Ν. Σάμου με το Πανεπιστήμιο Αιγαίου. Ο στόχος ήταν να κατασκευασθεί πρόγραμμα ταξινόμησης και ευρετηρίασης του Ληξιαρχικού Αρχείου. Το πρόγραμμα εκπονήθηκε από μεταπτυχιακούς φοιτητές. Προχώρησε αρκετά καλά αλλά δεν ολοκληρώθηκε, γιατί αργότερα μετά ξεκίνησε μεγαλύτερο και πληρέστερο, το "Κιβωτός του Αιγαίου", στο οποίο συμμετείχαν και τα Αρχεία Ν. Σάμου.

ΠΡΟΓΡΑΜΜΑ "ΚΙΒΩΤΟΣ ΤΟΥ ΑΙΓΑΙΟΥ"
ΠΡΟΓΡΑΜΜΑ ΤΑΞΙΝΟΜΗΣΗΣ - ΗΛΕΚΤΡΟΝΙΚΗΣ ΑΡΧΕΙΟΘΕΤΗΣΗΣ STATUS IQ

Το 1997 ξεκίνησε, σε συνεργασία με το Πανεπιστήμιο Αιγαίου πρόγραμμα για την μηχανοργάνωση του Αρχείου. Συνεχίστηκε μέχρι το 1998, οπότε η πρώτη φάση τελείωσε. Για την καλύτερη μηχανοργάνωση και εξυπηρέτηση των ερευνητών εφαρμόστηκε το ηλεκτρονικό πρόγραμμα STATUS IQ, στα πλαίσια του προγράμματος «Κιβωτός του Αιγαίου». Στο ηλεκτρονικό πρόγραμμα καταχωρήθηκαν αρχικά 3.500 περιλήψεις ταξινομημένων εγγράφων από τις Συλλογές, τα Ηγεμονικά αρχεία και τα Ληξιαρχικά βιβλία.  Το συγκεκριμένο πρόγραμμα υπήρξε  φιλικό στους χρήστες και παρείχε τη δυνατότητα πολλαπλής και γρήγορης προσέγγισης του αρχειακού υλικού. Μέχρι το 2008 είχαν καταχωρηθεί 23.000 περιλήψεις εγγράφων. Δεν έγινε δυνατή η αναβάθμισή του, με αποτέλεσμα σήμερα να μη λειτουργεί η μηχανή αναζήτησης.  Οι περιλήψεις είναι διαθέσιμες σε ηλεκτρονική και έντυπη μορφή κατ’ έτος (1743-1914) σε πρόγραμμα Word.

ΠΡΟΓΡΑΜΜΑ ΜΕΛΕΤΗΣ ΤΟΠΙΚΟΥ ΠΕΡΙΒΑΛΛΟΝΤΟΣ ΜΕ.ΤΟ.Π.

Το Πνευματικό ΄Ιδρυμα Σάμου "Νικόλαος Δημητρίου" ανέλαβε το πρόγραμμα ΣΕΠΠΕ του Παιδαγωγικού Ινστιτούτου "Μελέτη Τοπικού Περιβάλλοντος" το οποίο ολοκληρώθηκε το Σεπτέμβριο 1999. Σκοπός του προγράμματος ήταν να αποκτήσουν οι μαθητές τις απαραίτητες γνώσεις και ικανότητες που εξασφαλίζουν την ενεργό ένταξή τους στο τοπικό και μέσω αυτού στο γενικότερο εθνικό περιβάλλον. -Η γνώση του περιβάλλοντος του τόπου και της ιστορίας του πρέπει να αποτελεί αντικείμενο και αποτέλεσμα της βασικής εκπαίδευσης. Το πρόγραμμα κάλυπτε μια βασική ανάγκη των μαθητών οι οποίοι, τελειώνοντας τις σπουδές τους στην πρωτοβάθμια και δευτεροβάθμια εκπαίδευση, αγνοούν την ανθρωπογεωγραφία τους.

Οι Ε΄ και ΣΤ΄ τάξεις έξι δημοτικών σχολείων: του 1ου της πόλεως Σάμου, του Όρμου Καρλοβασίων, του Μαραθοκάμπου, του Πυθαγορείου, των Μυτιληνών και του Πύργου συμμετείχαν στην υλοποίηση του προγράμματος. Συντελεστές του οι: Βαγγέλης Δημητριάδης (σχολικός σύμβουλος Πρωτοβάθμιας εκπαίδευσης Σάμου), Χρίστος Λάνδρος (προϊστάμενος των ΓΑΚ Σάμου), Δημήτρης Θρασυβούλου (φιλόλογος), Αριστείδης Βουγιούκας (συγγραφέας).

Αποτέλεσμα ήταν η έκδοση του βιβλίου με τίτλο Σάμος, πατρίδα μου που διανεμήθηκε δωρεάν προκειμένου να διδαχθεί στην Ε΄ και ΣΤ΄τάξη όλων των δημοτικών σχολείων του νησιού.

Στο πλαίσιο του προγράμματος πραγματοποιήθηκε ημερίδα που οργάνωσαν οι σχολικοί σύμβουλοι της Α΄βάθμιας εκπαίδευσης Σάμου με θέμα: Μελέτη τοπικού περιβάλλοντος:

Χ. Λάνδρος, Συνοπτική παρουσίαση νεότερης ιστορίας Σάμου
Δ. Θρασυβούλου, Το βιβλίο Σάμος, πατρίδα μου
Β. Δημητριάδης, Μελέτη του τοπικού περιβάλλοντος (διδακτική)
Γ. Μακρής, Μελέτη του τοπικού περιβάλλοντος (αξιολόγηση)
Β. Δημητριάδης - Μακρής, Σχεδιασμός διδακτικής προσέγγισης μιας διδακτικής ενότητας
Ομάδες εργασίας, Ανακοινώσεις σχεδίων διδασκαλίας

Επιχειρησιακό πρόγραμμα «Κοινωνία της Πληροφορίας» 2000-2006
Έργο: Ψηφιοποίηση, τεκμηρίωση, προβολή και διάθεση πολιτιστικού και τουριστικού προϊόντος των ΓΑΚ Αρχείων Νομού Σάμου», πρόσκληση 78
Το έργο συνολικού προϋπολογισμού 74977,76 € υλοποιήθηκε από τα ΓΑΚ Σάμου σε συνεργασία με την ανάδοχο εταιρεία ELIDOC. Ολοκληρώθηκε τον Δεκέμβριο του 2007 αφού υπερκαλύφθηκε ο προβλεπόμενος από τις συμβάσεις αριθμός ψηφιοποιημένων σελίδων που έφτασε στις 45637 σελίδες.
Ψηφιοποιήθηκαν οι εξής αρχειακές ενότητες: 1. Αρχείο φακέλων Γενικών Συνελεύσεων Σάμου (1851-1912), 2. Αρχείο Ηγεμονικού Διοικητικού Γραφείου σειρά «Βιομηχανία –Εμπόριο» (1851-1912) και σειρά «Προξενεία και Εξωτερικές Σχέσεις» (1851-1902). Στα πλαίσια του προγράμματος έγινε αναλυτική τεκμηρίωση των εγγράφων που ψηφιοποιήθηκαν.
Στα πλαίσια της ολοκλήρωσης του προγράμματος «Ψηφιοποίηση, τεκμηρίωση, προβολή και διάθεση πολιτιστικού και τουριστικού προϊόντος των ΓΑΚ Αρχείων Ν. Σάμου, πρόσληση 78» λειτούργησαν για ορισμένο χρόνο τα εξής προγράμματα διαχείρισης ψηφιακών αντιγράφων:
Α) πρόγραμμα  MEDIA SCAPE με το οποίο εισήχθη στην Πύλη Βορείου Αιγαίου και στην ηλεκτρονική διεύθυνση  www.culture.northaegean.gr   μέρος   του ψηφιοποιημένου αρχείου των φακέλων των Γενικών Συνελεύσεων της Ηγεμονίας Σάμου 1851-1912 (795 ψηφιακές τεκμηριώσεις και έγγραφα). Σήμερα δεν είναι προσβάσιμη.
Β) Τα ΓΑΚ Σάμου εξοπλίσθηκαν με διαδικτυακό πρόγραμμα ηλεκτρονικής αρχειοθέτησης και ταξινόμησης με την ονομασία INSIGHT μέσω της αναδόχου εταιρίας Elidoc. Το πρόγραμμα διαχειρίστηκε τα ψηφιακά αντίγραφα και μεταδεδομένα καθώς και την αναλυτική τους τεκμηρίωση και τροφοδοτήθηκε με τις σειρές του Ηγεμονικού Διοικητικού Γραφείου 14/1 «Εξωτερικαί σχέσεις» των ετών 1851 - 1902 και  2/1 «Βιομηχανία – Εμπόριο» των ετών 1851-1912. Σήμερα δεν λειτουργεί.

Επιχειρησιακό πρόγραμμα «Κοινωνία της Πληροφορίας»
Έργο: «Ψηφιοποίηση, επιστημονική επεξεργασία  και τεκμηρίωση αρχειακών τεκμηρίων των Γ.Α.Κ.», Πρόσκληση 152
Τα ΓΑΚ Αρχεία Νομού Σάμου συμμετείχαν στο ανωτέρω πρόγραμμα ως κέντρο ψηφιοποίησης. Ψηφιοποιήθηκαν αρχειακές ενότητες που προέρχονται από τα αρχεία των ΓΑΚ Σάμου, Δωδεκανήσου και Κυκλάδων. Ψηφιοποιήθηκαν οι εξής αρχειακές ενότητες των ΓΑΚ Σάμου:
1. Συλλογές εγγράφων 17ου, 18ου και 19ου αιώνα
2. Ληξιαρχικά αρχεία Σάμου (1855-1932)
3. Αρχείο ΗΔΓ, σειρά 5/1 «Εκπαίδευσις εν γένει» (1851-1912)
4. Συμβολαιογραφικό Αρχείο Καρλοβασίων (1855-1912)
5. Αρχείο του Ελληνικού εν Σάμω Προξενείου (1815-1914) [ψηφιοποιήθηκε ένα μέρος του αρχείου]