Αρχικά, το Αρχειοφυλακείο στεγάσθηκε κοντά στο ηγεμονικό Τυπογραφείο στην περιοχή του παλιού νοσοκομείου Σάμου, ανάμεσα σ' αυτό και το κτήριο των φυλακών της Σάμου. Αργότερα μεταφέρθηκε στο Πασχάλειο Αρχειοφυλακείο, το σημερινό κτήριο Μουσείου, ενώ από το 1952 μεταστεγάσθηκε στο ισόγειο της Βιβλιοθήκης, στο αρχοντικό του Μιλτιάδη Γεωργίου, επί της παραλιακής λεωφόρου. Από το 1999 το Αρχείο στεγάζεται στο κτήριο των παλιών φυλακών της Σάμου.

Το κτήριο της Δημόσιας Βιβλιοθήκης Σάμου, όπουΟι φυλακές κτίσθηκαν το 1882, όταν ηγεμόνας της Σάμου ήταν ο Κωστάκης Αδοσίδης, και λειτούργησαν ως ποινικές μέχρι το 1968. Σε περιόδους πολιτικών ανωμαλιών φυλακίσθηκαν και πολιτικοί κρατούμενοι. Πρόκειται για οκταγωνικό κτήριο με εσωτερική αυλή, στο κέντρο της οποίας υπήρχε οκταγωνικό υδραγωγείο. Αρχικά το κτήριο ήταν ισόγειο, ενώ αργότερα, μετά το 1906, προστέθηκε και δεύτερος όροφος στην πρόσοψη του κτηρίου.

Το κτήριο των φυλακών παραχωρήθηκε στο ΥΠΕΠΘ από το υπουργείο Δικαιοσύνης το 1991, ενώ το 1992 άρχισαν οι εργασίες ριζικής του επισκευής, ώστε να μετατραπεί σε χώρο Αρχείου. Η εσωτερική αυλή διαμορφώθηκε έτσι, ώστε να είναι δυνατή η πραγματοποίηση πολιτιστικών εκδηλώσεων, ενώ το οκταγωνικό υδραγωγείο καθαιρέθηκε. Ο άνω όροφος του κτηρίου, που παλιότερα χρησιμοποιούνταν ως γυναικείες φυλακές μετατράπηκε σε αναγνωστήριο του αρχείου.

Εργασίες επισκευής κτηρίου φυλακών
Τα πρώην κελιά του ισογείου διαμορφώθηκαν σε αρχειοστάσια, και σε δυο από αυτά έγιναν εγκαταστάσεις ηλεκρομηχανολογικού εξοπλισμού για κεντρική θέρμανση, εξαερισμό και αφύγρανση των αρχειοστασίων.


 

Αρχειοστάσιο του νέου κτηρίουΣτο κτήριο αυτό έχει μεταφερθεί ο μεγαλύτερος όγκος των αρχείων που βρισκόταν στο παλιό κτήριο και έχει τοποθετηθεί σε σύγχρονες κινητές αρχειοθήκες. Η διαδικασία της μεταφοράς ολοκληρώθηκε στις αρχές του 2003.

Μεταφορά αρχειακού υλικού στο νέο κτήριο

Μεταφορά αρχειακού υλικού στο νέο κτήριο

Στο χώρο της φυλακής μεταξύ των κελιών υπήρχε εκκλησίδιο της αγίας Σοφίας, μητέρας Πίστεως, Ελπίδος, Αγάπης, που διατηρείται και στη νέα χρήση του κτηρίου. Το εκκλησάκι πανηγυρίζει στις 17 Σεπτεμβρίου.